Laboratoř transkripce a buněčné signalizace

ZAMĚŘENÍ LABORATOŘE:

• Oddělení transkripce a buněčné signalizace se zabývá zejména transkripční regulací v buňkách některých nádorových typů s důrazem na studium maligního melanomu. Zabýváme se též významem epigenetických změn jako je remodelace chromatinu, která hraje klíčovou roli v transkripci některých genů. V souč. době je nejvíce studován transkripční faktor MITF, který je aktivátorem mnoha desítek genů v melanomových buňkách a je nutný pro jejich přežívání. Protože je v urč. procentu mutován i amplifikován v nádorových buňkách, je považován za příklad tzv. „lineage addiction oncogenes“, tedy genů nutných pro vývoj určité embryonální linie, a současně nutných pro přežívání nádorů z této linie vzniklých. Tyto geny jsou tedy slibným cílem budoucí genové terapie, je-li zablokování jejich exprese či funkce specificky cíleno do nádorových buněk. V tomto směru studujeme zablokování transkr. faktoru MITF a některých jeho „upstream“ aktivátorů a důsledky pro melanomové buňky (které bez MITF skutečně nepřežívají). Tento možný léčebný přístup má význam zejména proto, že na inhibici aberantně aktivních signálních cest chemickými inhibitory vzniká při léčbě velmi často dříve či později rezistence, vzhledem k propojení signálních cest. Kromě melanomu jsou studovány i buňky nádorů plic a v menší míře další nádorové buněčné typy. Dále se zabýváme signální cestou MAPK u melanomu, v rámci nyní řešeného grantu i signální cesty mTOR a ovlivnění obou sign. cest pomocí inhibice aktivity onkogenní tyrosin kinazy src. Aktivity cest jsou skutečně závislé na aktivitě src, zatím neznámým molekulárním mechanismem. mTOR má další význam v metabolismu při biosytéze ribosomů či regulaci účinků insulinu. Dále je studován možný účinek dediferenciace jako prvotního pronádorového stimulu (např. mutace či chybění některých čistě metaboliských enzymů má za následek vznik urč. typu nádoru), hlavně na normálních melanocytech. Tyto experimenty jsou dlouhodobější a kladou si za cíl identifikovat event. buňky s možným incipientním nádorovým fenotypem. V laboratoři se provádí množství molekulárně biologických metod (analýzy exprese genů na úrovni proteinů i RNA, včetně real time PCR, klonování DNA v bakteriích, knockdown genů pomocí shRNA plasmidů i RNAi duplexů, příprava rekombinantních proteinů, metody interakce DNA protein a protein-protein in vitro a „in vivo“, imunofluorescenční techniky, měření biochemických aktivit některých enzymů jako jsou kinázy, acetyltransferázy a další). Oddělení je vybaveno pro provádění těchto metodik, konečné analýzy některých metod jsou prováděny na jiných odděleních (real-time PCR, imunofluorescence). Další techniky jsou prováděny ve spolupráci s jinými ústavy (ÚMG AV ČR, ÚDMP 1.LF) nebo jsou vzorky servisně zadány k analýze firmám, většinou v zahraničí. Jde o metody jako sekvenování (ÚMG), a provedení různých typů microarrays. Testování tumorigenicity a jejího ovlivnění se provádí na nu/nu myších v Centru pro exp. biomodely 1.LF UK ve spolupráci s pracovníky z dalších ústavů 1.LF UK. Na oddělení je laboratoř buněčných kultur, které tvoří základ pro většinu prováděných experimentů, zejména pro přenos genů, který je prováděn různými metodami, od zjišťování promoter-reportérových aktivit přes lipofekce až po přenos genů pomocí retrovirů a lentivirů, dále je často používána selekce buněk v antibiotiku a analýza izolovaných klonů. Naprostá většina kultivovaných buněk jsou lidské nádorové linie, dále lidské diploidní buňky a myší linie, většinou nádorové. Oddělení je v rámci ústavu hlavním pracovištěm pro práci s radioisotopy používanými běžně v molekulární biologii pro značení DNA a proteinů. V laboratoři se řeší grantové projekty kdy pracoviště je vždy hl. řešitelským místem, t.č. jsou řešeny dva projekty. Kromě mnoha pracovišť 1.LF UK a dalších tuzemských pracovišť laboratoř spolupracuje se zahraničními pracovišti (Institut Jules Bordet, Free University Brussels a Ludwig Institute for Cancer Research, University of Oxford).

KONTAKT:

Podrobné informace, adresy, telefonní kontakty a pracovníky laboratoře jsou uvedeny v Přehledu laboratoří.